El señor del sistema Apofis lanza un ataque contra la tierra a través del Stargate, escondido por los militares tras los acontecimientos de la película.
El programa SGC es reactivado y se le da un nuevo objetivo: buscar y encontrar al invasor alienígena y derrotarlo.
Jack O'Neill es llamado de la jubilación para localizar a Daniel Jackson en Abydos.
El coronel O'Neill, líder del nuevo SG-1, sigue la pista de Apofis hasta el planeta Chulak para rescatar a Sha're y a Skaara y se hace amigo de uno de los Jaffa de la guardia de Apofis.
Mientras el gobierno de los EE.UU. determina el destino de Teal'c, el SGC debe hacer frente a uno de los suyos, que ha sido tomado por un Goa'uld.
El SG-1 visita un planeta habitado por los antiguos mongoles, donde las mujeres son tratadas como ciudadanos de segunda clase.
El SG-1 investiga un planeta dividido en un lado oscuro y otro luminoso y termina por llevar una plaga que amenaza con diezmar el comando Stargate.
El SG-1 va en busca del desaparecido SG-9, pero descubre que su líder se ha autoproclamado dios en un planeta primitivo.
Durante un reconocimiento en otro planeta, Jack es sorprendido por una explosión de energía procedente de un cristal azul. La explosión crea un duplicado de Jack que vuelve a la tierra en su lugar..
El SG-1 viaja a un planeta donde una criatura posee el poder de la invisibilidad, pero se ven obligados a luchar contra Apofis y se encuentran con los misteriosos Nox.
Después de ser recibidos con los brazos abiertos por la gente de Argos, el SG-1 descubre que no sólo los argosianos sufren un envejecimiento extremadamente rápido. O'neill también ha sido infrectado y morirá en pocos días si no encuentran una cura.
Viajando a un planeta en cuarentena por los Goa'uld, Jack y Teal'c se ven atrapados en un laberinto subterráneo.
Daniel descubre que hubo un explorador que viajó a través del Stargate antes que ellos, el doctor Ernest Littlefield, que atravesó la puerta en 1945 pero nunca volvió. El SG-1 se propone recuperarlo.
Teal'c revela que tiene un hijo que está a punto de recibir una larva de Goa'uld y pregunta al equipo para que le ayuden a salvar al chico.
Después de una expedición al planeta Oannes, Jack, Teal'c y Sam vuelven... para revelar que Daniel murio en la misión.
La antigua diosa egipcia y Goa'uld Hator ha despertado y ahora controla a todos los hombres del Comando Stargate.
El SG-1 rescata a una niña, Cassandra, pero esta niña pronto se convierte en peón de un plan para destruir el Stargate de la Tierra.
Teal'c es sometido a juicio por los habitantes de un planeta donde él y los Goa'uld habían capturado personas tiempo atrás. Si se le encuentra culpable, será ejecutado.
El SG-1 rescata a un grupo de supervivientes de un planeta a punto de morir y se encuentra con que tiene que enfrentarse a su propio pueblo cuando los servicios de inteligencia militar quieren acceder a su avanzada tecnología.
Por culpa de un mal funcionamiento del Stargate, Jack y Sam son transportados a un planeta de hielo donde se enfrentan a morir congelados a menos que el Comando Stargate pueda determinar su posición.
El SG-1 llega a P3X-989, donde todo el equipo es dejado inconsciente. Cuando se despiertan y llegan a casa descubren que todos ellos son robots...
Mientras investiga en P3R-233, Daniel tropieza con un dispositivo que le proyecta a una dimensión paralela. En esa dimensión Jack y Sam están prometidos y Teal'c todavía es el primado de Apofis.
Usando los conocimientos de "nuestro" Daniel el CSG "paralelo" lanza un ataque nuclear sobre Chulak a través del Stargate. Esto da lugar a un contraataque por parte de los Goa'uld, que envían una flota de pirámides para destruir la Tierra.
El CSG "paralelo" tendrá que escapar a través del Stargate y ayudar a Daniel a volver a su universo.
Después de haber escapado de los Goa'uld en la otra realidad, Daniel Jackson advierte de que sólo es cuestión de tiempo que lancen otro ataque en esta.
Pero el programa Stargate se enfrenta a un problema más inmediato. El senador Kinsey, encargado de la supervisión del multimillonario presupuesto del proyecto Stargate, lo considera como un derroche excesivo y pretende cerrarlo y enterrar la puerta.
El Stargate está siendo cerrado por el gobierno de los EE.UU. a pesar de la advertencia de Daniel sobre un inminente ataque Goa'uld a la Tierra.
El SG-1, armado hasta los dientes, desobedece sus órdenes y efectúa un viaje no autorizado a través del Stargate hacie lo que creen que será el origen del ataque. Terminan descubriendo que se encuentran en una nave pirámide Goa'uld y que Skaara está a bordo. Skaara fue un antiguo amigo de Jack en Abydos, pero ahora es el huésped de Klorel, hijo de Apofis.
¿Aún vive el espíritu de Skaara dentro de ese cuerpo? ¿o ha sido totalmente consumido por Klorel? El futuro del SG-1 y de la tierra dependerá de la respuesta.
Continuará...