Michael ha seguido la pista de Gretchen, Whistler, y Mahone hasta Los Ángeles. El caos reina en SONA cuando T-Bag, Bellick y Sucre desaparecen. Lincoln y L.J. continúan con Sofía.
Michael, Lincoln y los otros tienen un nuevo miembro en el equipo, Roland, que trabaja para copiar las tarjetas de datos. Wyatt continúa en su búsqueda de los dos hermanos.
Michael intenta seguir al portador de la tarjeta para evitar volver a prisión. Wyatt encuentra información nueva sobre el paradero de Sara. T-Bag usa una nueva identidad para construirse una nueva vida.
Michael y los demás siguen a otro portador hasta el consulado. T-Bag llega a Los Ángeles en busca de Michael y Lincoln. Wyatt también llega a Los Ángeles en su esfuerzo por localizar a Sara. El cuerpo de Bruce es descubierto.
Self localiza otra tarjeta, escondida en un edificio federal seguro y Mahone continúa buscando venganza. Mientras tanto, la nueva vida de T-Bag puede estar en peligro.
Toda la misión se ve en peligro cuando Mahone se mete en problemas con la ley. La hermana de Gretchen recibe una visita sorpresa. La Compañía va a por Self. T-Bag sigue siendo sospechoso en Gate.
Lincoln, Sara, Sucre y Roland viajan a Las Vegas para conseguir la siguiente tarjeta. Gretchen recluta a T-Bag. Wyatt tiene planes para Self.
Lincoln trabaja para recuperar la última tarjeta, que es transportada por el General. Michael y Self se ven forzados a trabajar con Gretchen. Mientras tanto, Roland sigue siendo juzgado por haber perdido el dispositivo de copia en Las Vegas.
Michael, Lincoln, Sucre y Bellic se encuentran en el túnel que lleva al cuartel General de la Compañía. Gretchen se encuentra con el General. El estado de Michael continúa empeorando. La policía pregunta a T-Bag sobre la desaparición de Andy. Mahone espera su oportunidad para vengar la muerte de su hijo.
A Sara no le queda otra opción que llevar a Michael al hospital ya que su estado empeora rápidamente. Sucre y Lincoln quedan a cargo de toda la operación. El agente Self hace un sorprendente aliado.
Michael arriesga su vida entrando en el cuartel general de La Compañía junto con los otros. Gretchen intenta conseguir la última tarjeta en un encuentro con el General..
Sara toma un rehén en un intento por asegurar Scylla. Michael y Lincoln finalmente tienen un encuentro con el General y uno de los miembros de su equipo cambia de bando.
El General trata de recuperar Scylla. T-Bag tiene ahora un nuevo compañero. Michael y Lincoln tienen una reunión importante.
Gretchen y Self se escapan con Scylla (y un comprador). Michael lucha con La Compañía por Scylla. Mahone pide ayuda a una vieja cara conocida. T-Bag continúa reteniendo a un par de rehenes inocentes.
Michael recibe atención médica. Mientras tanto, Charles Westmoreland ayuda a descubrir los verdaderos secretos de Scylla. Lincoln y Sucre hacen todo lo posible por recuperar Scylla antes de que sea demasiado tarde.
Lincoln y su equipo viajan a Miami tras la pista de Scylla. Michael descubre algunos secretos importantes sobre su pasado mientras Sara le busca.
Michael y Sara viajan a Miami, mientras que Lincoln se reúne con su madre. La misión de T-Bag y Self de localizar Scylla toma un giro dramático. El general se encuentra bajo mucha presión.
Michael y Lincoln luchan por Scylla mientras Christina pone en marcha su plan. Mientras tanto, Sara recibe noticias sobre un cambio de vida. El general se vuelve cada vez más paranoico.
Un cuidadoso Michael se reúne con Christina. El General llega a Miami. T-Bag debe probarse a sí mismo ante la Compañía.
Michael debe tomar una elección mientras que el caos reina en la conferencia sobre la energía.
Caras conocidas aparecen mientras Michael intenta hundir a la Compañía.
Michael hace un último intento por conseguir Scylla y destruir a la Compañía.